Історія храму починається із Святотроїцького молитвенного будинку, на території якого і збудований теперішній храм на честь Покрови Пресвятої Богородиці. Садиба, на якій знаходиться храм, належала заможній родині. В роки революції 1917 року хазяїв розкуркулили, а будинок відійшов державі. Після Другої Світової війни, коли настала сталінська відлига, людям дозволили відкрито сповідувати православну віру. Тоді благочестивий христианан Михайло купив цю садибу у держави та передав церковній громаді. Будинок освятили під церкву на честь Пресвятої Трійці.
   
    У 1986 році молитвенному будинку потребувався капітальний ремонт. На той час накстоятелем Святотроїцького молитвенного будинку був о. Олексій(Довгаль), він і запропонував побудувати новий храм. Наполягання о. Олексія псували показники владі про невіру у Богодухові. Вона боролася як могла: викликали о.Олексія у райком, приходили до храму та зривали служби, скаржилися у Харків у відділ у справах релігії.
   
    Місцева влада переконувала всіх, що богодухівській громаді чудово живеться і без Божих храмів. Нарешті позитивна відповідь прийшла з Києва.
   
    Швидко спроектували майбутній храм, і в травні 1989 року Митрополит Харківський і Богодухівський Никодим освятив камінь під будівництво нового храму, а також особисто пожертвував на будівництво тисячу рублів. І закипіла робота, хоча місцева влада скептично ставилася до зведення храму, вважаючи його довгобудом і справою безнадійною. Та о. Олексій робив своє, не зважаючи на скептицизм посадовців, а заодно і на створювані ними перешкоди в будівництві. Про труднощі зведення першого у єпархії храму за незалежної України ще скажуть своє слово історики, а для богодухівців сталося диво 13 жовтня 1991 року, якраз напередодні свята Покрови. За допомогою гвинтокрила підняли в небо купол і встановили на храмі, а потім на дзвіниці. Почалося оздоблення храму. Люди приносили старовинні ікони, біблії та речі, які зберегли із зруйнованих раніше п’яти церков міста. о. Олексій сам замовив та привіз іконостас.
   
    Свято-Покровський храм став одним із перших на теренах України і першим у Харківській єпархії новозбудованих храмів за період від 1917 року!